故郷「リゼンブール」へ戻る途中、元国家錬金術師のドクター・マルコーと出会い、『賢者の石』に関する情報を入手したエドとアル。故郷で2人を待っていたのは、幼なじみで機械鎧（オートメイル）整備師のウィンリィ、そしてその祖母、スゴ腕の機械鎧整備師ピナコ・ロックベルだった。ひとときの休息ののち、2人は意を新たに、ドクター・マルコーが隠した『賢者の石』の秘密を求めて、国家の中枢「セントラル」へ向かう。そこで2人が知る驚愕の真実とは!?そしてついに、エンヴィーとラストがエドの前に姿を現す！