人間を捕食する巨人が全てを支配する世界。人類は巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。壁の外に出ることを夢みる少年・エレンは、幼馴染のミカサ、アルミンと平和に過ごしていたのだが、ある日、壁を超える「超大型巨人」が出現。ウォール・マリアは破壊され、エレン達の住むシガンシナ区は壊滅してしまう。母を巨人に殺されたエレンはミカサ、アルミンと共に巨人を駆逐するため訓練兵団に入団。5年後、訓練兵となったエレン達の前に再び超大型巨人が現れ、ウォール・ローゼを破壊。侵入してきた巨人に立ち向かうエレンだったが…。