正体不明の人工知能コロッサスは、核兵器を搭載した最新鋭ステルス戦闘機NGADを極東へと向かわせていた。標的は北朝鮮か中国か、あるいは日本か。撃墜はおろか追跡すら困難なNGADの脅威に対し、米ペンタゴンのＭ・Ａは、サイレント・コア部隊に協力を要請。折りしも、司馬光一佐を乗せた海上自衛隊の護衛艦もがみが日本海を航行していた。23世紀初頭。火星のロゼッタ渓谷遺跡では、第４室と呼ばれる部屋の調査が始まろうとしていた……。世界を滅ぼす「パラドックス」の真相やいかに！