〈学園〉を脱出したボクとヤヒロは、ミハシラを目指し、無人の街を進んでいた。しかし、進むにつれて凶暴さを増すミサキの出現や、物資の消耗に２人だけでの探索へ限界を感じ始める。　そんな中、旧い前線基地の〈工場〉が近いと知り、補給のためにかつて〈学園〉が放棄したその施設へと向かうことに。そこで待ち受けていたのは、別拠点〈教会〉の遠征隊のメンバー、ツクシだった。　たった一人で〈工場〉に立てこもるツクシに、敵対心を露わにするヤヒロ。他の探索メンバーの有無や、一人で見張りに立つツクシに不信感を持ったボクは、一計を案じ──。