ジム・ボタンは，見かけ巨人のトゥー・トゥーさんをフクラム国に迎えるため，ふたたび機関士ルーカスとともに，冒険の旅に出ます．船が難破する〈オソロシノ海〉の秘密をとき，砂漠や山脈を機関車で乗りこえ，ついに宿敵，海賊〈荒くれ13〉と対決する二人．そこでジムは自分の出生の秘密を知るのでした……．