時は戦国末期。南蛮より伝来したキリスト教の少年学舎「セミナリヨ」を訪れた少年・ミゲルは、天使のような美声で聖歌を歌うマンショと出会う。少年たちの友情、反目、そして秘められた謎が、歌声に乗って溢れ出す――。