学校側の介入というアクシデントがあったものの、１学年の最終試験を退学者なしで乗り越えたＣクラス。最後の行事、卒業式を迎える。兄との最後の接触に踏ん切りのつかない堀北にアドバイスを与えつつ、綾小路は月城理事長代行対策に動き出す。システムにはシステムで対抗、坂柳理事長に連絡を取り、１年Ａクラス担任の真嶋、茶柱と秘密裏に接触、交渉を試みる。一方で綾小路の偽の姿について疑念を持つクラスメイトも現れていた。好奇心と願望の下、１年Ｃクラス松下千秋が綾小路の追跡を始める。そして１年という月日は生徒同士の関係を大きく進展させるには十分な期間で――。新たな学園黙示録、１年生編完結！