フィボナッチ数列、アナグラム……数々の象徴の群れに紛れたメッセージを解き進むラングドンとソフィーの前に現れたのは、ダ・ヴィンチが英知の限りを尽くして暗号を描き込んだ絵画〈最後の晩餐〉だった。

館長の死体はダ・ヴィンチの有名な素描〈ウィトルウィウス的人体図〉を模した形で横たわっていた。被害者の孫娘でもある暗号解読官ソフィーは、一目で祖父が自分だけに分かる暗号を残していることに気づく……。