2015年、東京。神名綾人と美嶋玲香は、まずは平凡な高校生活を送っていた。だがある日、街中に飛来する戦闘機の爆音と共に、戦争が始まった。同時にふたりは、黒服の謎の男たちに襲われる。そこに現れたのが紫東遥という女性。遥は男たちを撃退し、綾人と玲香を東京湾アクアラインへ連れていく。そこには海底に向かう秘密の横道があり、行き着いた先には超古代文明の遺跡があった…!!