連絡不能の科学要塞研究所に向かった剣鉄也（つるぎ・てつや）のグレートマジンガーは、ヤヌス侯爵に操られた炎ジュン（ほのお・じゅん）のビューナスＡに襲われる。抵抗すればビューナスＡを自爆させると脅された鉄也は、窮地に陥ってしまうが……!?一方、宇宙科学研究所にいたマリア・フリードは、鏡の中から現れたエバインに襲撃されて……!?