本堂瑛祐が見つけた不可解な事件を調べている最中、別の殺人事件を追う高木刑事らと遭遇したコナンたち。早速現場に向かったところ、被害者の女性・船本兼世の子どもは、“水無怜奈”の事故現場を目撃したのと同じ少年だった！本堂と黒の組織との関係にコナンが疑いを深める中、目黒警部や小五郎らによる事故の検証は進んでいくが…。