魔震に襲われた日から戦りつの魔界都市と化した〈新宿〉。その新宿に、魔震から×年後の199X年、超常現象をいとも簡単にまき起こす老人（神？）が侵入した。この老人の力を借り、世界の破壊を企む闇教団の神父。そしてそれをはばもうとする防衛庁所属の超戦士。魔界都市〈新宿〉はいままた、神を追う二つの組織の新たな戦場となった。魔界都市に住む念法の達人・十六夜京也も、超戦士の一人を闇教団の手から救ったことで、否応なくこの戦いに巻きこまれた。魔術と魔道を駆使して企みを実現しようとする闇教団。その毒牙が京也に……!?