およそ二万年前の超古代。ムー大陸に大戦乱が巻き起ころうとしていた。女王アイラ・ムーが統べる平和なムー王国。そこを武力で蹂躙しようとするのは、黄金仮面の王・ドラドが率いる野蛮なドラゴニア軍…！女王はムーの民の守護神像・ゴッドマジンガーに祈りを捧げた。予言の書に書かれた奇跡を信じて。そしてその祈りは時を越え、現代日本に生きる少年、火野ヤマトのもとに届く…。