小惑星・女王星の奇妙なＵＦＯに占領されてしまった東京で、目玉おやじから宇宙人と戦うように命じられた鬼太郎（きたろう）は、仲間の妖怪達と団結して宇宙人を圧倒する。その様子をテレビで見ていた女王星の女王は、秘密兵器の幻覚爆弾で鬼太郎を捕らえろと部下に命令する。そして背後で炸裂した爆弾に幻惑された鬼太郎は、洗脳クギを脳ミソに差し込まれ、女王軍の戦士となって味方の妖怪達をやっつけていくのだが……!?